La dynastie des Keïta règne avec une seule interruption jusqu’en 1389. Elle choisit de conserver une mixité religieuse : Les couches dirigeantes sont islamisées, ce qui facilite le commerce vers le Maghreb et le Moyen-Orient, mais le peuple reste fidèle aux croyances animistes. L’Islam est aussi utilisé comme un moyen de contrôle social, grâce à l’introduction de la Charia et des tribunaux islamiques au début du XIVe siècle. Cette religion permet également d’unifier les différentes ethnies qui composent l’empire : nomades sahariens (Mesufa, Berbères, Touaregs), nomades sahéliens (Fulbe, Peuls) et agriculteurs (Tukuloor, Soninke, Songhay, Wolof et Mandingues).
Parmi les rois de la dynastie Keïta, on peut retenir Aboubakri II, qui lança deux expéditions pour explorer l’océan Atlantique et ne revint pas de la seconde, et surtout Mansa Mussa (ou Kankan Mussa). Le Mali atteint son apogée sous le règne de ce roi qui a marqué les chroniqueurs arabes lors de son pèlerinage à la Mecque en 1324- 1325. Sa suite de 8000 serviteurs a impressionné et sa prodigalité légendaire en or aurait provoqué une dévaluation durable du dinar en Egypte et en Arabie. Sous son règne, les villes de Gao et Tombouctou sont construites en s’inspirant de l’architecture arabe (brique et toits plats).
Cette prospérité se poursuit sous le règne de Mansa Suleyman, bien connu grâce à la visite d’Ibn Battuta. Tombouctou atteint alors 170 000 habitants et compte plus de 150 écoles. Selon la tradition, 7077 villages auraient entouré la capitale, Niani. On estime alors la population de l’empire à 40 millions d’habitants. Tout comme le Ghana, le Mali a fondé sa puissance sur le contrôle du commerce entre la zone équatoriale et le Nord de l’Afrique : on retrouve les mêmes règles (taxes, droit exclusif du roi sur les pépites) et les mêmes marchandises (cola, or, sel). Seule nouveauté, l’importance du cuivre, exporté des mines royales de Takkeda vers le sud.
