Arrivé sur le trône grâce à un coup d’Etat en 1493, Sarakollé Mohamed Touré (ou Askia Mohamed) adopte une politique inverse et islamise le royaume brutalement. Après son pèlerinage à la Mecque, en 1496, il obtient au Caire le titre de Calife du Soudan, qui légitime son pouvoir et ses conquêtes. Il fait donc du Songhay un champion de l’Islam et fonde la dynastie des Askia (1493 – 1592). C’est sous son règne que l’empire atteint son apogée. Malgré l’affichage d’une pureté islamique, le système de gouvernement mis en place par Askia Mohamed respecte certaines traditions païennes se combinant avantageusement avec la Charia. L’Askia lance des Djihad contre les peuples animistes, mais reste le « père du peuple » et le garant de la fécondité. Il réduit les Mosis razziés en esclavage parce qu’ils ne sont pas musulmans, mais son peuple croit encore aux Hole (doubles), à l’animisme (dieu du fleuve Harake Dikko, dieu de la foudre Dongo) et aux magiciens (Sonanke), en lutte permanente contre les sorciers (Tierke).
Le gouvernement semble néanmoins moderne, rationnel, avec un partage des compétences bien déterminé entre conseil, chancelier et différents ministres : Hi Koy (maitre de l’eau), Monjo (agriculture) et kalisa farma (finances). L’empire est divisé en deux provinces (est et Ouest), dirigée chacune par un gouverneur, souvent un prince du sang. Douze provinces plus petites ou des villes sont confiées à des gouverneurs (fari ou koy), à la tête d’une administration efficace, militarisée.
Les royaumes vassaux ou tributaires conservent une indépendance théorique, mais l’Askia impose toujours son candidat lors des successions. Askia Mohamed crée également une armée et une flotte permanente encadrée par des officiers professionnels. A l’inverse des rois du Ghana et du Mali, Askia Mohamed tente de dépasser la structure clanique traditionnelle en s’appuyant sur l’islam comme moteur d’unification, même avec les royaumes vassaux.
En ce début du Début du XVIe siècle, le commerce demeure l’activité la plus lucrative, Or et sel avant tout, même si la traite des esclaves prennent une place de plus en plus grande. Malgré des permanences, on constate deux grands changements socio-économiques : La première différence par rapport aux deux empires antérieurs est le développement d’une société urbaine stable, fondée sur le commerce et la religion musulmane. Les trois principales villes de l’empire ont un rayonnement international : Tombouctou rassemble 80 000 habitants. C’est à la fois une ville sainte (université Sankoré, 180 écoles coraniques spécialisées dans le droit malékite) et la capitale économique de l’empire. Djenné (40 000 habitants) domine le commerce avec l’Afrique équatoriale alors que Gao (100 000 habitants), la capitale politique, est plus orienté vers l’Egypte et l’Arabie.
Cette prospérité est menacée à partir de 1510 par les royaumes maghrébins qui craignent que la puissance du Songhaï ne débouche sur une mainmise de sa part sur les mines de sel du Sahara. Le commerce transsaharien est gêné par ces tensions, interrompues par la mort d’Askia Mohamed en 1528.
