Après la mort d’Askia Mohamed, une guerre de succession affaiblit l’empire : A plusieurs reprises deux Askias s’opposent. En outre, les chefs de l’armée rentrent en conflit avec la famille des Askias. Comme pour son lointain prédécesseur le Ghana, c’est le contrôle des routes commerciales et des ressources du désert qui va provoquer la chute du Songhaï.

             L’empire entre en conflit ouvert avec les Saadiens (Souverains du Maroc) pour le contrôle des mines de sel du Sahara occidental. En 1591, suite à la défaite de ses armées face au sultan marocain Ahmed Al Mansur Saadi lors de la bataille de Tondibi (première utilisation massive d’armes à feu en Afrique Subsaharienne), l’empire Songhaï  éclate en douze principautés. Dès lors, l’absence d’une autorité forte garante de la sécurité accélère le déclin du commerce transsaharien déjà concurrencé par les routes maritimes ouvertes par les européens.