La différenciation des voies génitales commencent chez l’embryon par la présence ou l’absence du chromosome Y, aboutissant à la différenciation des gonades en testicules ou ovaires. Elle est effective dès le début de la vie fœtale. Elle est caractérisée par la sécrétion d’hormones sexuelles :

Chez le fœtus mâle, les testicules vont secrétés deux hormones :

• La testostérone  dont la sécrétion favorise non seulement le maintien des canaux de Wolff, mais aussi leur différenciation en voies génitales mâles et glandes annexes.
• Anti-Mullerienne hormone (AMH) qui provoque la disparition des canaux de Muller.

On obtiendra ainsi le sexe masculin.

Chez le fœtus femelle, les ovaires ne sécrèteront ni testostérone, ni AMH. En conséquence, les canaux de Wolff vont régresser et disparaître et les canaux de Muller vont se différencier en voies génitales femelles : trompes utérines, utérus, et vagin. On obtiendra donc le sexe féminin.

Le sexe phénotypique ayant été mis en place, la sécrétion d’hormone cessera chez le fœtus.

L’établissement des caractères sexuels primaires permettra de différencier à la naissance un garçon d’une fille. Cependant, que ce soit le garçon ou la jeune fille, aucun d’eux ne peut encore procréer car leur appareil génital respectif n’est pas encore fonctionnel ; il le sera dès la période marquant la puberté.