L’organisme dispose de barrière naturelle qui s’oppose à l’entrée de microbes dans l’organisme. Ces barrières sont la peau et les muqueuses.
L’épiderme est la couche de la peau qui est en contact avec le milieu extérieur, et donc avec les microorganismes. On y retrouve des microbes non pathogènes qui s’opposent à la pénétration des microbes pathogènes. La peau contient aussi un film de protection acide jouant le même rôle.
Les muqueuses respiratoires et digestives s’opposent également à la contamination de l’organisme par les microorganismes pathogènes. Elles produisent un mucus acide néfaste pour les microorganismes.
Il arrive que ces barrières deviennent inefficaces et vulnérables, ceci à cause par exemple de conditions hygiéniques. La conséquence de cette vulnérabilité est la pénétration des microbes pathogènes dans l’organisme ou contamination.