L’établissement du phénotype est sous la dépendance l’expression du génotype. Lorsque le phénotype est lié à l’expression d’un seul gène, on dit qu’il est monogénique. Dans le cas contraire, on dit qu’il est polygénique. En fonction de l’organisation de la cellule vivante, on distingue trois types de phénotypes : le phénotype macroscopique qui repose sur le phénotype cellulaire qui lui-même repose sur le phénotype moléculaire. Les phénotypes moléculaires et macroscopiques sont souvent soumis à l’action de l’environnement (température, lumière solaire) à l’origine des caractères non héréditaires.