La répartition des espèces vivantes aquatiques dans l’eau est fonction de leur besoin en dioxygène. Les êtres vivants qui ont plus besoin de dioxygène vont se retrouver dans les zones les plus oxygénés du cours d’eau, tandis que dans les zones les moins oxygénés se retrouveront les espèces qui ont le moins besoin de dioxygène. La répartition des espèces aquatiques dans un cours d’eau dépend des conditions de respiration, et donc de la quantité de dioxygène disponible.

De l’amont (partie où le cours d’eau se forme) vers l’aval (partie du cours d’eau orientée vers l’embouchure), un cours d’eau peut être divisé en trois parties :

• La partie supérieure ou cours supérieur : Très agitée, elle est très riche en dioxygène dissout dans l’eau, la température y varie entre 5 et 10°C.
• La partie moyenne ou cours moyen : Peu agitée, elle est moins riche en oxygène dissout dans l’eau que le cours supérieur. La température y varie entre 8 et 16°C.
• Le cours d’eau inférieur : Cette partie est calme, avec une température variant entre 14 et 25°C. C’est la partie la moins riche en dioxygène dissout dans l’eau.

Les espèces aquatiques se répartiront différemment dans le cours d’eau en fonction de leurs besoin en dioxygène : c’est ainsi que dans le cours supérieur, on retrouvera les espèces telles que les truites; dans le cours moyen, les goujons et dans les eaux calmes et chaudes, les carpes.