L’écosystème est un assemblage fonctionnel d’organismes qui détient les propriétés requises pour assurer la continuité du vivant, c’est-à-dire pour assurer les conditions nécessaires à l’évolution biologique (au sens darwinien) sur le long terme.

              En tant que support à la continuité du vivant, tout écosystème se caractérise (1) par une structure (définie par le biotope, ou milieu physique, et la biocénose, ou assemblage d’espèces présentes en un lieu défini) ; et (2) par un ensemble de processus dont la fonction est de promouvoir des flux d’énergie et de matière dans le système.

Un écosystème n'a pas de dimension aisément définissable, et ne peut être en cela confondu avec le biome, ou domaine bioclimatique. Si les 17 biomes (forêt tempérée, toundra, etc.) présents sur la Terre sont approximativement cartographiables, l’écosystème beaucoup moins. Les limites des écosystèmes sont le plus souvent graduelles, avec des écotones, ou zones de transition, dont la richesse en espèces est souvent importante car on y rencontre des constituants des biocénoses situées de part et d’autre.

Dans leur fonctionnement normal, les écosystèmes subissent des perturbations naturelles (suite à des incendies, crues, tempêtes, etc.). Les cortèges d’espèces adaptées à chacun des milieux qui se succèdent les uns aux autres au cours du temps (phénomène de succession) suggèrent ainsi qu’un écosystème n’a rien de figé. La variabilité est aussi importante que les constantes, sinon plus.