Le vivant connaîtra trois conceptions : l’hylémorphisme, le mécanisme et le vitalisme.

1. L'hylémorphisme

D’après Aristote, l'organisme étant une totalité finalisée et non un simple agrégat matériel, une âme doit obligatoirement organiser les parties matérielles du corps pour les rendre aptes à accomplir les fonctions vitales. L'âme est donc ce qui anime le corps. Il hiérarchise les êtres vivants selon qu'ils possèdent une âme végétative c’est-à-dire, qui rend possible la génération, la nutrition et la croissance des plantes, des animaux et des hommes, une âme sensitive qui est la condition de la sensation et de la locomotion chez les animaux et les hommes et une âme intellective étant la condition de la pensée, pour les hommes seules.

Aristote en tant que finaliste, admet que la nécessité des effets permet de rendre compte des causes, que le vol des oiseaux explique la structure particulière de leur corps.

2. Le mécanisme

Le mécanisme est né au 17^ème siècle en liaison étroite avec la naissance de la physique classique. Il conçoit la nature comme une immense machine dont le fonctionnement découle strictement de l'agencement de ses différentes parties. Pour Descartes, le vivant est une machine.

 En assimilant l'organisme à une machine, Descartes pose les principes d'un programme scientifique du vivant en éliminant radicalement la notion d'âme comme principe d'organisation finalisé de la matière. Par rapport aux autres êtres naturels, le vivant n'a plus rien d'original et s'explique selon les mêmes lois que les lois qui organisent la matière. Si cette conception mécaniste du vivant a permis de comprendre le rôle exact du cœur dans le corps, elle a aussi constitué une sorte de frein à la connaissance de la vie et au respect de la supériorité de l’homme sur les autres espèces.

3. Le vitalisme

 Kant fait remarquer dans la Critique de le Faculté de Juger, qu'on n'a jamais vu qu'une montre se réparât seule, ni qu'une montre ne produisît une autre petite montre. En désapprobation du mécanisme, le vitalisme soutient qu’il existe entre le vivant et l’inerte une nature différente. Il n’utilise pas la notion de l’âme qu’il considère trop religieuse, mais parle de « force vitale » qui est la cause qui produit tous les phénomènes dans le corps humains et qui est une exception au règne des lois physico-chimiques de la nature.

Pour Claude Bernard, le vitalisme et le mécanisme empêchent de connaître le vivant. Il va donner de nouvelles  règles de la méthode expérimentale destinées à l'étude des phénomènes vitaux. On lui doit le concept de milieu intérieur, c’est avec lui qu’il va dépasser ces deux impasses et créer la physiologie comme connaissance de la chimie du corps. Seule la physiologie sait montrer que les globules rouges sont les récepteurs de l'oxygène dont les cellules ont besoin pour leur métabolisme. La physiologie est la compréhension de la chimie du vivant comme milieu intérieur. Elle a mieux permis de connaître le vivant.